Neben der Pfarrkirche befindet sich in Pottenstein die Kunigundenkirche, die heute u.a. als Friedhofskirche genutzt wird (der Friedhof ist heute terassenförmig um die Kirche angelegt, er wurde Anfang des 16. Jahrhunderts von der Pfarrkirche zur Kunigundenkirche verlegt). Eine Kapelle an dieser Stelle neben dem ehemaligen Spital – dem Elisabethenhospital (heute befindet sich in dem Haus der Kindergarten) – geht vor 1300 zurück.
Die Kirche in der jetztigen Gestalt – der dritte Bau an dieser Stelle – wurde 1775 – 1777 vom Pottensteiner Maurermeister Ulrich Förtsch erbaut. Den Akzent erhält die Kirche in den Formen des ländlichen Spätbarock.
Über dem Südportal befindet sich das Wappen des Bamberger Fürstbischofs Adam Friedrich von Seinsheim.
Der Haupaltar, errichtet und bemalt von Melchior Günther und Bernhard Kamm, stammt aus den Jahren 1777/78. Der reiche Altaraufbau ist stilgeschichtlich ein Beispiel für den Übergang vom späten Rokoko zum frühen Klassizismus. Die Figuren des hl. Michael als Drachentöter und der hl. Elisabeth mit dem Bettler, stammen von einem Bamberger Hofbildhauer.

Die beiden Seitenaltäre und die Kanzel wurden 1780 durch die Pottensteiner Weißenberger (Schreinermeister) und Rupert (Bildhauer) angefertigt. Der linke Seitenaltar zeigt die hl. Elisabeth, wie sie auf dem Marktplatz Speisen an die Armen verteilt (im Hintergrund ist die Burg Pottenstein dargestellt). Auf dem rechten Seitenaltar ist der hl. Wendelin, der Schutzpatron der Bauern, abgebildet.
Charakteristisch an der Orgelempore ist die geschweifte Brüstung, getragen von zwei marmorierten Holzsäulen. Die Empore wurde auch von Schreinermeister Weißenberger eingebaut. Die Orgel stammt aus der 2.Hälfte des 19. Jahrhunderts.
Die Kunigundenkirche wird wie bereits erwähnt jetzt als Friedhofskirche genutzt. Ebenso wird regelmäßig am Freitag die Eucharistie in der Kunigundenkirche gefeiert.